منشا مرکبات با یک تاریخ پر از جنجال و افسانه های جالب شناخته شده است. برخی از پژوهشگران بر این باورند که مرکبات بومی مناطق نیمه گرمسیری و گرمسیری آسیا بوده و منشاء آن بخش های خاصی از جنوب شرقی آسیا شامل چین، هند و مجمع الجزایر مالی می باشد. با توجه به نسخه های خطی قدیمی که در میان اسناد باستانی چینی پیدا شده اند، اولین متونی که به مرکبات اشاره کرده اند مربوط به دوران تایو (Ta Yu) در حدود ۲۲۰۰ سال پیش می باشند یعنی زمانی که مرکبات و مخصوصا نارنگی و پوملو (شداک) ارزش بسیاری داشته و فقط در دربار امپراطوری استفاده می شده است.مشخص شده است که خاستگاه لیمو در هند بوده و پرتقال و نارنگی بومی چین هستند. تحقیقات جدید نشان می دهند که اگرچه خاستگاه برخی از گونه های تجاری مرکبات مانند پرتقال، نارنگی و لیمو جنوب شرقی آسیا می باشد، اما گفته می شود که منشا اصلی مرکبات استرالیا، گینه نو و نیوکالدونیا (New Caledonia) در نزدیکی استرالیا می باشد. گسترش مرکبات به سایر نقاط جهان مانند شمال آفریقا و جنوب اروپا به کندی انجام شده است. بعضی از گونه های مرکبات قبل از میلاد مسیح به مناطق غربی آسیا نظیر عمان، ایران و فلسطین انتقال یافته است. گزارش شده است که اسکندر مقدونی ۳۳۰ سال قبل از میلاد مسیح یکی از گونه های مرکبات به نام بالنگ را در ایران مشاهده کرد. نارنج، لیمو ترش و لیمو عمانی در حدود ۱۲۰۰ تا ۱۳۰۰ سال پیش و توسط اعراب به ایران آورده شده است. درخت پرتقال به احتمال زیاد در قرن ۱۶ میلادی توسط پرتغالیها از اروپا به ایران آورده شده است و به این دلیل آن را پرتقال نامیده اند. کشت اقتصادی مرکبات در ایران از ۳۰۰ سال پیش در شمال کشور آغاز شده و به جنوب کشور رفته است. عقیده بر این است که بالنگ از ایران به مناطق مدیترانه ای راه یافت و در دوران امپراطوری روم، یعنی بین سال های ۲۷ قبل از میلاد و ۲۴۸ بعداز میلاد مسیح در ایتالیا برخی از گونه های مرکبات وجود داشته اند. اولین بار مرکبات توسط جهانگردان اسپانیایی و پرتقالی به آمریکا معرفی شده و اولین باغ های آن در فلوریدا در سال ۱۶۵۵ و در کالیفرنیا در سال ۱۷۶۹ دیده شدند و از آن به بعد تولید و فرآوری و تجارت جهانی آن به طور معنی داری افزایش یافت و مرکبات مقام اول را در بین مهمترین میوه های جهان کسب کردند.
