بونساي هايي كه براي مدت ها و بصورت عاشقانه اي آبياري و مراقبت گرديده اند , قادرند بر بينندگان خود تأثيرات عميق و پايدار بگذارند بويژه اگر داراي عمرهايي بيش از يك قرن بوده و از پرورش دهندگاني به ديگران دست به دست شده باشند . از طرفي هر گونه ايجاد استرس بر بخش هاي شاخ و برگي گياه بر سيستم ريشه اي كوچك آن نيز تأثير خواهد گذاشت و سيستم ريشه اي كوچك و سطحي تر بيش از سيستم ريشه اي عميق تر و گسترده تر آسيب خواهد ديد زيرا قادر به تأمين رطوبت كافي براي شاخ و برگ ها ( Branches and Twigs ) بويژه اگر در معرض جريان هواي خشك قرار گيرند , نمي باشد . از طرف ديگر , از دلايل عمده مرگ درختان بونساي , آبياري بيرويه مي باشد زيرا برخي افراد بغلط مي پندارند چونكه درختان در گلدانهاي كوچك پرورش داده شده اند حتماً بايد دائماً آبياري گردند در صورتيكه بر اساس گونه هاي گياهي انتخاب شده , شرايط محيطي , نوع خاك , اندازه گلدان و محل استقرار بونساي مي توان آبياري لازم را بصورت هاي مختلف از دو بار در روز تا يكبار در هفته تغيير داد و عموماً بايد سطح خاك آن بعمق .۱- ۵/. اينچ قبل از هر آبياري بطور كامل خشك شده باشد
آبياري بروش مه پاشي ( Misting ) با اسپري كننده ها بر روي شاخ و برگ گياه كمك چنداني به رفع مشكلات كمبود آب براي بونساي نخواهد بود اما روش مناسبي براي افزايش رطوبت محيط گياه خواهد شد
بهتر است بخش زيرين گلدان را بطور كامل در درون ظرف آب قرار دهيد زيرا از اين طريق مانع شسته شدن ذرات خاك نيز خواهيد شد . فقط تا زمانی که خاک کاملا سیراب شود بعد خارج کنید
در برخي از موارد , سيني پر از سنگريزه اي ( The Pebble Tray ) كه براي سهولت انجام زهكشي در زير گلدانها قرار داده مي شود
بهتر است سنگريزه هاي آنرا بصورت هفتگي شسته و تميز نمود و يا اينكه سيني حاوي بونساي را بطرف يكي از گوشه هاي آن كه داراي منفذ است بكمك قطعه اي آجر يا سراميك براي تسهيل زهكشي بصورت شيبدار درآورد .
قرار دادن ورقه هاي پلاستيكي بر روي چوب هاي «T » شكل در بالاي درخت بونساي نيز باعث افزايش رطوبت محيط اطراف گياه خواهد شد
مناسب برای گونه های فیکوس برای تولید ریشه نابه جا
بطور كلي در هنگام آبياري ها از پرتاب شدن ذرات خاك ( Splashing ) كه در اثر پاشش آب ممكن است روي دهد, بايد ممانعت بعمل آيد .
